On estime que les indigènes qui peuplaient le Brésil avant le 16ème siècle étaient plus de 5 millions, répartis en environ 2000 tribus. Elles vivaient une vie de nomades et la plupart d'entre elles étaient localisé le long des côtes et le long des fleuves.

Les bonnes relations entre les natifs et les visiteurs furent brèves. Bien vite commencèrent les massacres pour contrôler les terres et on répandit des maladies à laquelle les indigènes n'étaient pas habitués. Les discriminations étaient énormes et seuls les jésuites, qui devaient les convertir au catholicisme furent dédiés aux natifs (une note pontificale déclarait que les indiens étaient des êtres humains et devaient être traités comme tels). Quelques groupes de jésuites commencèrent à étudier les langues et les cultures aborigènes et fondèrent des installations dans lesquelles habitaient des colonisateurs et des indiens qui parlaient une seule langue commune. Ils commencèrent à créer tout seul des villages habités, les natifs « civilisés », convertis à la religion catholique, dénommés des missions. Lorsque dans la seconde moitié de 1700, pour une complexe intrigue diplomatique entre le Portugal, l'Espagne et le Vatican les jésuites furent expulsés du Brésil, les missions furent confisquées et vendues.

Jusqu'au 20ème siècle les rapports entre des colonisateurs et les indigènes furent très compliqués. Seulement en 1900 le gouvernement brésilien commença à adopter une politique plus humanitaire, en offrant de la protection officielle aux populations indiennes. Dans cette période Cândido Rondon fut un personnage significatif et fondamental , homme d'origine mixtes portugais et Bororo, explorateur et officiel dans l'armée brésilienne. Chargé de porter les communications télégraphes dans la région amazonienne, il contribua à fonder en 1910 le Serviço de Proteçao aos Índios (Service de Protection aux Indiens), la première institution visant à protéger les indigènes et préserver leur culture. Pour le Brésil Rondon est un héros national et l'état de Rondonia (dans la partie nord occidental du Pays) en a pris le nom. Avec la mort de Rondon en 1956, le SPI subit un déclin. À la fin des années 1970 les régimes militaires brésiliens le substituèrent au FUNAI, Fondaçao Nacional do Índio. Aujourd'hui, comme organe officiel de gouvernement, le FUNAI a son quartier général à Brasilia et dépend directement du Ministère de Justice. Il s'occupe de la gestion des rapports entre les indiens et les lois gouvernementales disposées à leur faveur, comme la démarcation territoriale de réserves et la défense des principaux droits humains.

On a calculé qu'aujourd'hui au Brésil vivent 400.000 indigènes, qui parlent 170 langues différentes. A Porto Seguro a été fondée la Reserva de Jaqueira, pour préserver la culture d'une de ces 215 tribus qui encore aujourd'hui résistent : le Pataxò. La première description que l'on a de cette tribu avec ce nom remonte à 1850 et est l'oeuvre du voyageur autrichien Maximiliano Wied Neuwied, qui se réfère aux zones prés du Monte Arará (Monte Pascoal). Après de nombreuses vicissitudes, en mai 1997, Coroa Vermelha fut délimitée et nommée Terre Indigène. À cet endroit, avec un lieu bien défini, la tribu commença l'importante phase de récupération de son identité et de sa culture.

Selon la culture indigène, comme le soutenait Caminha dans son lettre, ils n'existent pas de classes sociales, il n'existe pas de propriété privée de la terre et seuls les outils pour chasser sont de propriété personnelle. Dans la culture de l'indien il y a deux figures de référence : le pajé (prêtre) et le cacique (chef). Le pajé est le prêtre de la tribu, il connaît tous les rituels et entre en contact avec la divinité. Il est même guérisseur et il connaît toutes les plantes médicinales. La vie religieuse se base sur la croyance dans les forces de la nature et sur le culte des ancêtres. Le cacique est important dans la vie tribale car il a en charge d'organiser la vie du village.